SFI har fire forskningsafdelinger, der gennemfører forskningsbaserede udredninger og evalueringer. Hovedparten af opgaverne udføres for eksterne rekvirenter som indtægtsdækket virksomhed, men afdelingerne gennemfører også enkelte udredningsopgaver for egen regning eller med tilskud fra eksterne kilder.

De fire forskningsafdelinger er
Socialpolitik og velfærdsydelser
Beskæftigelse og integration
Børn og familie
Kontrollerede forsøg

Derudover har SFI følgende to afdelinger:
SFI Survey, som indsamler og leverer analyseklare data til forsknings- og analyseformål til brug for forskere, offentlige myndigheder, private organisationer og virksomheder. SFI Survey løser opgaver inden for en bred vifte af emner.

SFI Campbell, som udarbejder en række systematiske forskningsoversigter, som på hvert sit område opsummerer al tilgængelig forskning om en bestemt interventions virkning.